Nikon Scan はスキャナーの付属ソフトとして提供された。2003年12月付のカタログでは、Coolscan V ED、Super Coolscan 5000 ED、Super Coolscan 9000 ED などの付属ソフトとして載り、取り込んだ画像を管理する NikonView も同梱されていた。^{1公式 Nikon Inc.（米国）Nikon Coolscan film scanners (2004 brochure, 12/03)}

対応OSは、ソフトが作られた当時のものに限られる。カタログ時点の Nikon Scan 4 は、Windows 98SE / Me / 2000 Professional / XP と、Mac OS 9(9.1以降)/ Mac OS X(10.1.5以降)に対応した。^{1公式 Nikon Inc.（米国）Nikon Coolscan film scanners (2004 brochure, 12/03)}Mac 版は PowerPC 機向けで、最終の 4.0.2 でも Mac OS X 10.4.11 までにとどまり、10.5 以降には対応しない。^{3掲示板 Macintosh RepositoryNikon Scan 4}純正ソフトでスキャナーを使い続けるには、これらのOSが動く古いパソコンが要る。

Nikon Scan 4 のカタログが訴求したのは、Digital ICE4 Advanced による傷・ほこりの補正と、ICC プロファイルによるカラーマネジメントである。^{1公式 Nikon Inc.（米国）Nikon Coolscan film scanners (2004 brochure, 12/03)}Digital ICE は Kodak(旧 Applied Science Fiction)が Nikon を含む複数社にライセンスした技術で、赤外チャンネルで傷とほこりを検出して補正する。染料ベースのフィルムに限られ、銀粒子の白黒フィルムには使えない。^{5プレス WikipediaNikon Coolscan}

filmscanner.info の Super Coolscan 9000 ED のレビューは2016年の追記で、Nikon Scan は当時の現行OSでは動かず、SilverFast Ai Studio なら使えるとした。^{6レビュー filmscanner.infoNikon film scanner Super CoolScan 9000 ED}VueScan の製品ページには、Windows 98 のパソコンでしか動かせなかった Coolscan V を、VueScan で再び使えたという利用者の声が載る。^{7レビュー Hamrick SoftwareVueScan（製品トップページ。利用者の声を含む）}ただし、どちらについても対応機種の公式一覧や Nikon Scan との関係は確認できておらず、手持ちの機種で動くかは各社の情報で確かめる必要がある。