撮像系は新開発の有効最大約2420万画素フルサイズCMOSとDIGIC Xの組み合わせである。静止画の常用最高感度はISO102400。高画素化だけを前面に出す構成ではなく、感度、高速撮影、動画を含む幅広い用途が公式の訴求となっている。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}

連写は、メカシャッターと電子先幕でAF・AE追従最高約12コマ/秒、電子シャッターでは最高約40コマ/秒となる。いずれも速度を達成する撮影条件があり、シャッター方式によって上限が異なる。被写体検出の拡張と合わせて、動く対象を捉え続けることがこの機種の大きな柱になっている。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}

ボディ内には5軸手ブレ補正を搭載する。レンズ側との協調補正は最大8.0段とされるが、これはRF24-105mm F4 L IS USMの105mm使用時など、定められた組み合わせと条件での値である。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}

記録系はUHS-II対応のSDカードスロットを二つ備える。構図確認には約369万ドット、視野率100％のEVFと、3.0型約162万ドットのバリアングルモニターを使用する。ファインダーをのぞく静止画撮影と、背面画面の向きを変えて行う撮影の双方を用意した構成である。^{1レビュー デジカメ Watch新製品レビュー：キヤノン EOS R6 Mark II}

先代の約2010万画素から約2420万画素へ増えた一方、常用最高感度はISO102400を維持した。^{1レビュー デジカメ Watch新製品レビュー：キヤノン EOS R6 Mark II}

被写体検出では馬、鉄道、飛行機を追加した。人物は瞳・顔・頭部・胴体、動物は犬・猫・鳥・馬を対象とし、さらに検出対象を事前に指定する操作を減らす「自動」設定も加わった。対象の種類を増やす改良と、撮影者が種類を選ぶ手順を減らす改良を同時に行った点に特徴がある。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}

動画では、クロップなしの6Kオーバーサンプリングによる4K/60P、フルHD/180P、Canon Log 3、RAW動画の外部記録に対応する。静止画の高速連写だけを更新したのではなく、4Kの生成方法や記録形式まで含めて制作の選択肢を広げた。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}

この方向は操作部にも表れている。先代で電源スイッチがあった左肩に静止画／動画切替スイッチを置き、電源は右側のサブ電子ダイヤル2と同軸へ移した。撮影形式の切替に独立した操作部を割り当てたわけである。さらにマルチアクセサリーシューを新搭載し、デジタル音声入力、通信、電源供給に対応する拡張も加えた。^{1レビュー デジカメ Watch新製品レビュー：キヤノン EOS R6 Mark II}

バッテリー撮影枚数も更新され、レビューに記載された数値ではEVF使用時が先代の約380枚から約450枚へ、モニター使用時が約510枚から約760枚へ増えた。撮影機能の追加とともに、ファインダーとモニターそれぞれの使用時の枚数にも変化があった。^{1レビュー デジカメ Watch新製品レビュー：キヤノン EOS R6 Mark II}

キヤノンが公式に掲げた柱は、多様化する制作ニーズに向けた動画性能と、決定的瞬間を捉える高速AF・連写である。人物だけでなく動物や乗り物へ検出対象を広げたことは、後者を具体化する機能上の選択である。制作ニーズには4K/60Pや外部RAW記録を、被写体への対応には検出対象の追加や自動設定を用意した。^{2公式 キヤノンEOS R6 Mark II 製品史・主要仕様}