鉄道模型のジオラマ、普通の博物館などでは風景を作り込んだ台に線路を敷くのが定番ですが、ここは「地下鉄博物館」なので地下風の空間に線路が行き交います。
走る列車に合わせてラインカラー(路線のシンボルカラー)のライトが着いたりと工夫されてます。
赤いライトは「丸ノ内線」が走行しているサインです。実際の話、電車が良く見えないのです(^0^;)
◎Pana-LEICA DG SUMMILUX 12mm/F1.4 ASPH.

地下鉄が表に出ているところを忠実に再現したら、確かに限られた場所で、すぐにトンネルに消えてしまいますから、展示も難しかったんでしょうね。
アリの巣を横から見ているみたいに、トンネルの側面をカットして、地中を走ってる雰囲気出すのとか良さそうですが、大変かな。

地下の土を取り除くとこんな風になっているのでしょうね。
Booth-Kさんの仰るとおりアリの巣のようです。

東京の地下はいったいどれだけのトンネルが掘られ
交差しているんだろう？って考えたことがありますが、
　三次元ジオラマ　そんな構造を学ぶ良い教材になりますね。

Booth-Kさん、エゾメバルさん、ペン太さん、ありがとうございます。
都心の地下ではビルや川、地形のうねりとか避けながら線路を敷いて行くのでしょうが、設計段階での苦労も大変でしょうね。